テクスチャとして読み込んでもちゃんとアルファをホジホジしてるようです。

ちなみにShade上でコピペすると「同じ画像がある」と警告が出るにもかかわらずアルファは破棄されます。
コピペはWindowsの機能を使ってるからですね。
ついでに試してみましたが、アルファチャンネルを持ったTGAなどもShade上でコピペすると、アルファが失われますね。
HDRI画像もコピペやドラッグで動かすとLDRI化されるのは知ってましたが
要するにShadeは画像の種類にかかわらずイメージのコピペはWindowsBMPクリップボードの機能を使ってるということですね。
ちなみに六角でもほぼそんな感じでした。
アルファなどを含んだ独自形式でのクリップボード機能も作れなくは無いんでしょうが
このほうが他ソフトとコピペで画像をやり取りできるというメリットがあるんでいいですけどね。
これを知らずにコピペを使いまくってると、見た目同じで内部の形式が違う画像が増えて
何が起きてるのかわからなくなると思います。