最近似た質問をよく見かけるので。
AVIやMOVには無圧縮や可逆圧縮のコーデックがあって、
これで書き出せば画質の劣化は無いです。
だから書き出した後で動画編集ソフトで何度編集しても大丈夫ですし、
AVIとMOVに何度変換しなおしても大丈夫。
ちなみに連番bmpも同じことです。
（形式によっては色数の問題はあるかもしれませんが、その辺の知識は私には皆無です）
3DCGではこれらの無圧縮or可逆圧縮のファイルで出力してから
動画編集ソフトで画質やファイルサイズを調整して非可逆圧縮（MPG、WMV、DIVX、MOV他）
の動画にするのが一般的です。
3DCGソフトでいきなり非可逆圧縮で出力してしまうとファイルサイズや画質が気に入らなかった場合
またレンダリングしなおしになってしまいますからね。
だから○○というソフトは○○形式の動画を出力できますか？という質問や
○○出力できるようになりました！などのウリ文句は
ほとんど無意味です。（特にWindowsの場合）
なんらかの無圧縮or可逆圧縮ができればそれでいいんです。
Windowsならフリーの動画編集ソフトで高機能なものがありますから、それらで変換すれば同じこと。
3DCGソフトが、選択した非可逆圧縮コーデックに最適化されてレンダリングするなら話は別ですがね。
たいていそのコーデックのエンコーダを使って変換してるだけでしょう。
ラスターのFlash（swf）書き出しができる3DCGソフトもたまに見かけますが（六角S5も）
swfのラスター動画は非可逆しかないので、まああまり良くないと言えます。
画質にこだわるなら無圧縮or可逆のファイルで書き出した後、FLASHの編集ソフトでswfに変換するべきでしょう。
動画のプロの世界ではファイルのやりとりに可逆圧縮であるDVコーデックがよく使われてるようです。
QuickTime（mov）にはDVコーデックは確か付いてます。
ちなみに「アニメーション」というコーデック（Shadeのmov出力でデフォルトのやつ）
も画質を「最高」にすれば可逆になります。
AVIのDVコーデックはPremiereなどについてると思います。よく知らない。
フリーでもありますが互換性は無いです。
これらは相手も同じコーデックを持ってないといけないという問題と
DVは画像サイズ（720*480）やフレームレート（29.97fbs）が固定という問題があるので
AVIの場合は無圧縮があるのでそれでいいでしょう。サイズでかくなりますが。
Huffyuvという動画キャプチャでよく使われてる（私も愛用）
フリーの可逆圧縮コーデックもありますが、3DCGに向いてるかどうかはよく知らない。
