ん〜、

ちょっとその考え方はおかしいかな。プログラム内では結局R,G,B,アルファで扱うしかないわけで。
TGAやPCTと同じ挙動にできるはずですが。そのソフトがやろうとしてないだけか。
なぜ透過に対応してないソフトでもアルファチャンネルを読もうとするのか？謎だ。