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3DCGソフトでアルファチャンネル（透明度）を持った画像を扱う場合
アルファチャンネルをそのソフトの何のパラメータに割り当てるのかと言うと2つ考えられますね。
そのマテリアルとしての透明度として扱うのか、マテリアル内のレイヤーの合成のためのアルファチャンネルとして扱うのかってことです、
たぶん一般的なソフトではレイヤーの合成のためのアルファチャンネルとして扱われるはずです。マテリアルの「透明度」ではないのです。
Shadeでもmodoでもそうです。この場合フォトショなどの2Dソフトのレイヤーと同じだと考えればわかりやすいですね。
ややこしいのは
六角やメタセコなどのモデラーやビューア重視のソフトでは、マテリアルとしての透明度(オブジェクトが透過する）として扱われるってことです。
そういうソフトでは複雑なレイヤーの合成は必要ないし、そのほうがテクスチャの数や作業量が少なくてすむからでしょう。
だからメタセコや六角用のそういうデータをShadeやmodoでレンダしようとしてもちゃんとレンダリングできないです。
アルファの意味がまったく違うのです。

Shadeのアルファチャンネルを持った画像の扱いがややこしい、おかしい、という意見もよく見かけますが
上のような問題を混同してる人が多いと言うこともあるんですが、
もともと3DCGに限らずアルファチャンネルを持った画像と言うのは扱うのが難しいもんです。無理がある。
アルファが0か1くらいなら何とかなりますがグラデなど半透明な部分もある画像の場合、
スライダで合成度を調整したり乗算したりした場合どうなるのか、RGBとアルファがお互いどんな動きをするのか
さらに3DCGソフトの場合、そこにマテリアルとしての透明度、マテリアルの適用度などが加わった場合、いったいどうなるのか
なんて考えると、もちろん理論的には説明できても、とても感覚的に扱えるものではないです。
アルファだけ（またはRGBだけ）を微調整することができないので、微調整の必要のない画像を作れる自信がなければ使うべきでないと思います。

ちなみにアルファチャンネルPNGはソフトによって微妙に使用が違うらしいのでShadeではアルファが抜ける場合と抜けない場合がありますね。
Shadeのアルファチャンネルの仕様を検証したいならtgaとかで練習してからのほうがよさそうです。