Shadeは画像ファイルを読み込んだときに、同じ画像がシーン内にあると、流用するか新規にするか警告が出ますが

これはアルファを無視した非圧縮した状態（画像として開いた状態、見た目）で比較しているっぽい。
だから見た目が同じならアルファチャンネルの有無とかファイル形式とか関係なく警告が出る。