六角は対象モードで中心線に接してる部分を正しく面取りなどの加工ができない不具合がまだ治らないですね。

これって私が想像するに、対象物はXを反転させてるだけなので、ポリゴンの面が裏返ってしまい
対象の形状とつながった面として扱われないために不正になるんでしょう。
素人目には、裏返しにならないようにポリゴン組みなおすプログラムをはさんでくれればいいような気がしますが
そうじゃないんでしょうかね。
六角は「面の裏表反転」機能もあって一瞬でうまくやってくれるんだから、できそうな気がするんですが。
というか対象/標準の切り替えが一瞬でできるんだから、内部でいったん標準に戻して加工するとかだってできるはず。
あまり重要だと思われてないんですかね。私はこれのために六角の対象モードは使いたくないんですけどね。