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ブーリアンて形状の面の張り方もいろいろあって、人によってどう面を張ってほしいかも違うんで
ユーザーの思い通りになることはまずないんですけど
じゃ、たとえば円柱のみ、または直方体のみに特化したブーリアンという機能を作ったらどうだろうか。
分割数を指定した円柱、又は直方体でならどんな形状でもきれいにくりぬきますよ、ってかんじで。
それでもだめなら「くりぬかれる方の面が平面なら」とか「1つの四角ポリゴンなら」とか条件付で。
使う側としては条件付でいいからコントロールしたいんですよね。
こういう条件付ならきれいにできる、というのがわかってれば、場合によってはまずその形にしてからブーリアンかけて編集というやり方ができる。
他の機能では当たり前っていうか無意識にそうやってると思うんですけど
ブーリアンだけはユーザーもソフト作ってる側もこういうもんだとどこか諦めてる気がしますね。