ほとんどのポリゴンモデラーの面取りとかベベルってのは

面取りする幅の長さを、交差する線の長さで測っています。
なのでこういう斜めに交差した線があるエッジに面取りを欠けると

めちゃくちゃずれてるでしょ。斜めだと距離が変わるからです。
こんな単純な形状で正確に面取りできないなんてそんな馬鹿な、
と思うかもしれませんが、手持ちのソフトでやってみるといいです。
これは一番わかりすい極端な例であって
実際はサブデビを使ってたり他の線がたくさんあったりするから、わかりにくいだけです。
これは六角Sですがmodoのような新しいソフトでも基本的には同じです。
もちろんこっち方式が必要な場合もあると思いますが(あまり思いつかないが)
プログラムが理論的に正確にやってることが、ユーザーが求めてることとは違う場合があるってことです。
工業製品やロボットとかを作ってる人が求める「面取り」や「ベベル」は
グースケの「オフセット」がヒントを持ってると思います。